Yhdistyksen edeltäjä oli lakkautettu 1939, ja pian Talvisodan jälkeen hovioikeus vahvisti päätöksen. Liittoa ei koskaan lakkautettu, vaan sen pääpaikka siirtyi Turun kautta Helsinkiin — päätöksen tästä tehnyt liittokokous pidettiin Tampereella 12.1.1941. Käytännöllisesti katsoen vapaa-ajattelijoiden toimintaa ei ilmeisesti Jatkosodan aikana ollut paljon missään.
Perustaminen
Sunnuntaina, lokakuun 28. päivä 1945 kokoontui ravintola Hämeen pienessä sivuhuoneessa noin 30 hengen joukko joka perusti yhdistyksemme.
Käytännössä heti ensimmäisen johtokunnan jäsenistä yksi oli ollut jo lakkautetun edeltäjänkin johtokunnassa, samoin tilintarkastaja. On siten vähän makuasia sanotaanko yhdistyksen perustamisvuodeksi 1936 vai 1945.
Ensimmäisen vuoden aikana todellista toimintaa oli vain kolme hautapuhetta. Johtokunta kyllä kokousti ja yritti etsiä toimitilaa, mutta toistaiseksi turhaan. Jäsenmäärä vuoden 1945 lopussa oli noin 170.
Aktiiviaika 1946-1948
”Niissä oloissa, joissa nykyisin elämme, on epäkiitollista laatia toimintasuunnitelmia edes lähimmän ajan toimintaa ajatellen.” Vuoden 1947 toimintasuunnitelman aloittava lause kuvaa hyvin sotia välittömästi seuranneita vuosia.
Julkinen esiinmarssi tapahtui 17.2.1946, jolloin kaupungintalon juhlasalissa oli yleinen kokous. Juhlapaikkakin kertoo aikojen muutoksesta: ennen sotia tuskin olisi julkista tilaa tarkoitukseen saatu. Tästä toiminta jatkui tasaisesti, jäsenistön sisäisiä kokouksia oli vuosittain useita, samoin erilaisia yleisötilaisuuksia. Juhlapuheita häissä ja hautajaisissa pidettiin vuosien 1946-48 aikana yhteensä 30. Jäsenmääräkin kasvoi ja vuonna 1947 jäseniä oli jo 400. Toimitilaakin oli saatu vuokrattua kahdesti kuukaudessa.
Erittäin suosittuja olivat keskustelut vastapuolen kanssa: vuonna 1947 neljä vapaa-ajattelijaa väitteli neljää pappia vastaan ja keskustelua kuunteli 450 ihmistä; seuraavana vuonna adventistin kanssa väittely keräsi peräti yli 750 ihmistä ja kaikki eivät mahtuneet tilaisuutta varten varattuun tilaan. Yhdistyksen kokouksiinkin osallistui keskimäärin 50-60 henkeä. Toki tämä kertoo paitsi kiinnostuksesta vapaa-ajatteluun, myös ajasta ennen televisioita yleensäkin.
Aktiivisin henkilö vaikuttaa ehdottomasti olleen Paavo Lehtelä, joka oli puheenjohtajana vuoden 1948 loppuun ja piti esimerkiksi yksinään enemmän juhlapuheita kuin muut yhteensä. Toinen ydinhenkilö on ilmeisesti ollut sihteeri Heikki Mäkinen. Puheenjohtaja sai jatkaa yksimielisesti, mutta johtokunnasta ollaan joka kerta äänestetty, tosin nimet eivät kovin paljon vaihtuneet. Valitettavasti ei ole tietoa siitä, mistä asioista oikeastaan on äänestetty kun johtokuntaa on valittu.
Talous pohjautui paitsi jäsenmaksuihin myös tilaisuuksien voittoon. Kun yhdistys piti keskustelutilaisuuksia, oli niissä pääsymaksu ja 1948 tämä tuotti jo enemmän kuin jäsenmaksut.
Taantuma 1949
”Kun Tampereen Vapaa-ajattelijain puolesta ei ole kuluvan vuoden kuluessa tullut – – edes tavanmukaista ilmoitusta toimihenkilöistä vuosikokouksen jälkeen, niin rohkenemme tiedustella, onko yhdistyksellämme ollut kuluvan vuoden aikana toimintaa?” Liiton sihteerin kirje loppuvuodelta 1950 kertoo toiminnan lopahtamisesta vuosina 1949 ja 1950.
Kirkosta eroaminen oli huippulukemissa ja vapaa-ajattelijat muualla toimivat. Selitykseksi taantumalle jää se, että puheenjohtaja Lehtelä joutui muuttamaan työn perässä. Kuten niin monta kertaa muuallakin, oli tässäkin yhdistyksessä toiminta pitkälle yhden ihmisen varassa. Vuoden 1949 puheenjohtaja toimi tehtävässään vain yhden vuoden. Viralliset kokoukset pidettiin, mutta mitään näkyvää ei saatu aikaan.