Tampereen Seudun Siviilirekisteriyhdistys oli lakkautettu juuri ennen Talvisotaa. Sotien ajankin keskusliiton toiminta pysyi hengissä, liekkimaljan tuli lepatti vaikka vähälläkin liekillä. Kun Tampereelle saatiin uusi yhdistys sotien jälkeen, pääsimme mukaan valmiiseen ja toimivaan liittoon.
Yhdistyksemme edeltäjän lakkauttaminen tarkoitti liiton pääpaikan sulkemista: Tampereella kokoontui liittohallitus, ja täällä oli myös Ajatuksen Vapauden toimitus. Talvisota keskeytti muutenkin kaiken järjestötoiminnan, ja ilmeisesti mitään va-toimintaa ei sen aikana ollut.
Keväällä 1940 johtokunta kokoontui kahdesti päättääkseen että jäsenmaksuja ei kerätä ennen hovioikeuden päätöstä. 6.4.1940 hovioikeus piti lakkautuspäätöksen voimassa, ja toiminta Tampereella loppui. Johtokunnan kokoontuminen osoittaa, että tuomion odotettiin muuttuvan hovioikeudessa, mutta näin siis ei käynyt.
Keskusliitto jäi olemaan Tampereen paikallisyhdistyksen lakkauttamisesta huolimatta. Turkulaisten siviilirekisteriyhdistys julkaisi vuonna 1940 kaksi näytenumeroa lehdestä "Vapaa-Ajattelija". Alkuvuonna 1941 pidettiin liittokokous, joka päätti liiton keskuspaikan muodollisesta siirtämisestä Turkuun, mitä ilmeisimmin siis vahvistaen jo tapahtuneen asian. Vapaa-Ajattelijaa ehdittiin julkaista vielä kolme numeroa, mutta jatkosota lopetti lehden ilmestymisen.
Jatkosodan aikana ainakin Helsingin yhdistyksen johtokunta kokoontui parin kuukauden välein hoitamaan sääntömääräiset asiat. Myös joitakin kerhokokouksia jäsenistölle pidettiin, joten ainakaan pääkaupungissa ei toiminta koskaan kokonaan lakannut.
Nykyinen liiton lehti, Vapaa Ajattelija, alkoi ilmestyä 1945. Kesällä oli taas vuorossa liittokokous, joka nyt muodollisesti siirsi liiton keskuspaikan Helsinkiin. Samalla Siviilirekisteriyhdistysten Keskusliitto vaihtoi nimekseen Vapaa-ajattelijain liitto.
Jatkosodan aikana oli kirkosta eroajien määrä vähentynyt jopa niin, että liittyneitä oli enemmän kuin eronneita. Sotien jälkeen eroluvut lähtivät nousuun, tosin 1945 päästiin vasta vuoden 1930 tasolle eli noin 5000 eroajaan vuodessa.
Politiikassa sotien jälkeen SKP nousi maan alta ja sen ympärille syntyi SKDL, joka sai heti vuoden 1945 vaaleissa neljänneksen äänistä ja pääsi hallitukseen. SKDL:n opetusministeri Johan Helo vaati kirkon ja valtion eroa, mutta pääministeri Paasikivi torjui esityksen. Näytti kuitenkin siltä, että vasemmiston tuki saattaisi piankin kääntää valtion ja kirkon suhteita meille edulliseen suuntaan.
Professori Juha Seppo on kirjassaan vapaa-ajattelijaliikkeestä otsikoinut ajan välirauhasta eteenpäin "vasemmistoradikalismi voimistuu". Vasemmalle liitto näyttää todella kallistuneen, monet Vapaa Ajattelijan jutut kertovat sosialismista ja kirjoitus saattaa esimerkiksi päättyä iskulauseeseen "Yksilö sortuu, luokka kestää." Lehdissä alkoi myös olla - toisin kuin aiemmin Ajatuksen Vapaudessa - lainauksia Marxin ja Leninin filosofisista kirjoituksista.
Toisaalta Vapaa Ajattelijassa saattoi olla vierekkäin kertomus rintamalla kaatuneesta vapaa-ajattelijasta ja toinen kertomus vasemmistojärjestöjä vainoneen Etsivän keskuspoliisin uhrina kuolleesta vastarintaliikkeen jäsenestä. Lisäksi lehdessä korostettiin usein poliittista sitoutumattomuutta. Vasemmalle kallistumista on ainakin näiden lehtien perusteella liioiteltu suuresti.
Määrällisesti va-liitto vahvistui. Vuoden 1945 aikana syntyi Tampereen lisäksi usea muukin yhdistys, ja yhdistyksiin liittyi myös jäseniä.
Sunnuntaina, lokakuun 28. päivä 1945 kokoontui ravintola Hämeen pienessä sivuhuonessa noin 30 hengen joukko joka perusti yhdistyksemme. Perustava kokous valitsi puheenjohtajaksi Paavo Lehtelän ja kymmenhenkisen johtokunnan.
Perustavassa kokouksessa kerättiin alkukassaksi yhdistykselle 880 markkaa (n. 88 euroa nykyrahassa). Jäsenmaksuksi määrättiin viisi markkaa kuukaudessa, liittymismaksuksi kymmenen markkaa. Jäsenmaksut ehtivät tuottaa noin 3400 markkaa (340 euroa), ja vuodenvaihteessa kassaan oli kertynyt hiukan vajaat 3000 markkaa.
Yhdistystä voi pitää lakkautetun Siviilirekisteriyhdistyksen jatkajana. Ainakin yksi ensimmäisen johtokunnan jäsen oli ollut jo lakkautetun yhdistyksen johdossa, samoin tilintarkastaja. Myöhemminkin 1930-luvulta tuttuja nimiä löytyy. Tässä on selvä ero vuonna 1930 toimineeseen Kirkostaeronneiden yhdistykseen, jonka johtokunnasta yksikään ei näytä olleen aktiivinen enää myöhemmin.
Heti perustamisen jälkeen marras- ja joulukuussa 1945 johtokunta kokoontui viidesti. Aiheena oli lähinnä toimitilan hankkiminen, mutta näkyviä tuloksia ei saatu siitä eikä muustakaan. Hautapuheita sentään ehdittiin pitää kolme. Jäsenmäärä vuoden lopussa oli noin 170.
Seuraava juttu: Filosofisia syrjäpolkuja