Uuden vuosituhannen ensimmäinen vuosikymmen alkoi internetin nopealla leviämisellä. Tämä näkyi yhdistyksessäkin. Tunnetuimpana esimerkkinä perustettiin eroakirkosta.fi, ja toisaalta Pakanasanomat lopetettiin viestinnän siirryttyä nettiin. Yhdistys myös vaurastui ja sai uusia jäseniä. Tämä johti kuohuntavaiheeseen jonka huipentumana vuonna 2002 puolet johtokunnan jäsenistä erosi.
Testamentteja ja uusi toimisto
Yhdistyksen talous koheni merkittävästi kun sattumalta saimme vuosituhannen vaihteessa useamman testamentin lähes peräkkäin.
Kun perintöihin toisaalta kuului asuntoja, tästä seurasi myös valtava työmäärä. Enimmillään eräässä talossa pidettiin yli kymmenen tunnin talkoita yli kymmenenä päivänä yli kymmenellä osallistujalla! Samaan aikaan onneksi nuoria ja innokkaita jäseniä tuli lisää ja tekijöitä löytyi.
Näkyvin tulos parantuneesta taloudesta oli uusi toimisto. Vanha, alle 20 neliön tila olikin jo melkoisen pieni kun reilut kymmenen henkeä pakkautui ideoimaan.
Pakanasanomat
Yhdistyksen oma lehti, Pakanasanomat, oli vuonna 1999 julkaistu ensimmäistä kertaa neljästi vuodessa. Tätä tahtia jatkettiin monia vuosia. Lehti postitettiin jäsenille, jonka lisäksi sitä jaettiin erilaisissa tilaisuuksissa ja levitettiin esimerkiksi kirjastojen ilmoitustauluille.
Lehti tehtiin alkuaan yhdistyksen toimistolla omalla kopiokoneella suurissa talkoissa. Ulkoasu riippui kulloisenkin käytettynä ostetun koneen hinnasta. Petri Karisman tultua mukaan toimintaan tuli tähänkin muutos, ja lehden teko siirtyi painotalolle. Kussakin lehdessä oli kymmenkunta erilasta artikkelia.
Toiminnan siirtyessä yhä enemmän verkkoon lehti päätettiin siirtää ilmestymään kahdesti vuodessa. Näin tapahtui vain 2007, sen jälkeen lehti loppui kokonaan.
Kriisivuosi 2002
Alkuvuodesta toimittiin uudessa toimistossa ja vanhaan etsittiin vuokralaista. Sellaisen lopulta löydyttyä syntyi vuokrauspäätöksestä vakavia erimielisyyksiä, ja ne johtivat kesällä useamman johtokunnan jäsenen eroon koko yhdistyksestä. Hiukan myöhemmin erosi vielä yksi jäsen tästä riippumatta eikä syy koskaan selvinnyt. Lopulta vielä loppuvuodesta erääsen kirjekampanjaan osallistumisesta syntyi kiista jonka tuloksena puheenjohtaja irtisanoutui kesken kauden sekä tehtävästään että jäsenyydestä.
Tämän ohella oli jo keväällä tehty vuosikokoukselle ehdotusta liitosta eroamisesta; äänestyksessä kuitenkin selvä enemmistö kannatti jäsenyyden jatkamista. Muutamista muistakin asioista äänestettiin niin vuosikokouksissa kuin johtokunnankin kokoontuessa.
Erojen jälkeen jäljelle jäi harventunut, nuorentunut ja suurelta osin melko tuore ydinryhmä. Ryhmässä painottui tietotekninen osaaminen, mikä epäilemättä näkyi myös toiminnan suuntautumisessa. Viimeinen yksittäinen äänestys pöytäkirjaan merkittiin vuonna 2006, sen jälkeen päätökset on tehty keskustellen.
Eroakirkosta.fi
Uskonnonvapauslaki muuttui 2003, ja erityisesti sen jälkeen uskontokunnista sai erota kirjeellä maistraattiin. Kesällä Petri Karisma sai idean: jaetaan erokaavakkeita, joissa on postimaksu valmiiksi maksettu. Näin tehtiin, mutta tulos ei vielä ollut merkittävä. Vähän myöhemmin Jori Mäntysalo ehdotti laadittavaksi www-sivun, joka loisi erokirjeen valmiiksi. Eroakirkosta.fi-palvelu avattiin 21.11.2003.
Loppuvuoden aikana kirjeitä ehti lähteä liki tuhat. Seuraavana vuonna määrä oli jo kymmenen tuhatta, noin 40 % kaikista eroista tehtiin palvelumme kautta.
Varsinainen erovyöry lähti pari vuotta perustamisen jälkeen, kun eroaminen erinäisten kiistojen jälkeen saatiin hoitumaan sähköisesti. Samalla opeteltiin laatimaan lehdistötiedotteita. Ensimmäisen kerran niiden voima nähtiin kunnolla vuonna 2008: palvelu saavutti 100 000 eroajan rajan, tästä tiedotettiin ja saatiin yhtenä päivänä lähes tuhat eroa. Sittemmin usein rikottu ennätys tuntui silloin valtavalta.
Palvelu lisäsi myös tunnettuvuuttamme, ja antoi itseluottamusta: me pystymme vaikuttamaan. Samoin uusia aktiiveja tuli palvelun innostamana mukaan.
Muita sivuja
Loppuvuodesta 2004 avattiin erään aktiivijäsenen toimesta uskonnonvapaus.fi. Se oli heti aluksi maan laajin uskonnon ja katsomuksen vapautta esittävä ja puolustava sivu. Olennainen tehtävä oli muistuttaa, että uskonnonvapauteen kuuluu paitsi vapaus uskoa, myös olla uskomatta sekä valtion neutraali suhde uskontoihin. Tunnetuksi sivu tuli viimeistään tehdessään vaalikoneen vuoden 2007 eduskuntavaaleihin.
Vuonna 2006 oli vuorossa elämänkatsomustiedon esittelyyn ja mainostamiseen suunnattu et-opetus.fi. Tähän aikaan alkoi nousta yhä enemmän kritiikkiä koulujen uskonnollista toimintaa kohtaan. Pääosin koululaisjumalanpalveluksia pidettiin vielä itsestäänselvyytenä, mutta muutos oli alkanut. Osaltaan et-opetus.fi edisti myös tätä levittämällä tietoa.
Vielä kokeiltiin laajempaa uskonnottomuutta käsittelevää sivua uskomaton.fi. Sekin toimi aikansa ja keräsin jonkin verran kirjoituksia, mutta ei saavuttanut vastaavaa nousukiitoa kuin muut sivut.
Yhdistyksen oma www-sivu oli koko ajan toiminnassa, ja erityisesti siellä julkaistiin Pakanasanomat sähköisenä.
Muuta toimintaa
Toimistolla kokoonnuttiin läpi koko vuosikymmenen joteensakin joka viikko. Pääosin joka toinen viikko oli johtokunnan kokous, niiden välillä vapaamuotoisempi ideariihi. Toimisto oli myös auki säännöllisesti, usein tukityöllistetyn, työkokeilijan tms. ansioista ja välillä vapaaehtoisten päivystäjien pitämänä. Aukioloa kuitenkin supistettiin hiljalleen viidestä päivästä viikossa pariin tuntiin viikossa.
Paneelikeskusteluja pidettiin ainakin 2000 otsikolla ”Uskonnonvapauslaki ja kirkon ja valtion suhde”, 2001 eutanasiasta ja 2002 päiväkodeista. Yhdistystä esiteltiin monissa erilaisissa tapahtumissa, kuten Mahdollisuuksien torilla ja yliopiston Aatemarkkinoilla. Aina saatiin hyviä keskusteluja, välillä myös jäsenhakemuksia.
Yhdistyksen jäseniä kävi Nuorten filosofiatapahtumaa seuraamassa, puolin ja toisin tehtiin vierailuja mm. Pohjois-Kymin yhdistyksen kanssa, jaettiin kirkostaeroamislennäkkejä, jäsenille pidettiin kaamoskarkelot ja 60-vuotisjuhlat, kokeiltiin uskonnottomien lasten kerhoa… Erityisesti vuosikymmenen alkupuolella ennen internetin täydellistä läpilyöntiä oli suorastaan hengästyttävän paljon toimintaa.
Erikoisuutena yhdistys jakoi Euroopan unionin ruoka-apua vuosikymmenen alkupuolella. Esimerkiksi 2003 raportti kertoo jaetun 282 kassia. Jaosta luovuttiin kun sen ei katsottu kuuluvan yhdistyksen ydintoimintaan
Vuosikymmenen lopuksi kesällä 2009 kolmessa kaupungissa kiersi busseja mainostekstillä ”Jumalaa tuskin on olemassa.” Tämä Iso-Britanniasta lähteneen kampanjan ideoi Suomeen eräs jäsenemme. Julkisuutta saatiin mukavasti mm. koska osa kaupungeista ei hyväksynyt mainostekstiä sellaisenaan busseihin.