Toimintakertomus 2003
Kesäpäivät pidettiin Forssassa, ja niiden yhteydessä pidettiin mielenosoitus Forssan kokouksen 100-vuotisjuhlan yhteydessä. Satakuntaan syntyi uusi vapaa-ajattelijoiden yhdistys, toisaalta Salon yhdistys lopetti toimintansa.
Toimintakertomus 2002
Jatkettiin vaikuttamista mm. uudistuvaan uskonnonvapauslakiin. Liittokokous pidettiin Kotkan Karhulassa.
Toimintakertomus 2001
Liiton pääsihteeri oli mukana uskonnonvapauskomitean työssä. Liitto jätti lausunnon mm. perusopetuksen uudistamisesta. Vapaan ajatuksen päivät järjestettiin Kemissä.
Toimintakertomus 2000
Vapaan ajatuksen päiville Raisiossa osallistui noin 70 henkeä. Vapaa-ajattelijat mm. jakoivat EU:n ruoka-apua.
Toimintakertomus 1999
Vuonna 1999 perustettiin Pro-Seremoniat, Vapaa-ajattelijain liitto tuli sen yhdeksi osakkaaksi. Liittokokouksen yhteydessä pidettiin Ahti-karnevaali, leikkimielinen kasteen poistohuutomisen juhla Hämeenlinnan Katumajärvellä.