Liiton virallinen johto on käytännön toimintaa koordinoiva liittohallitus ja hallitusta ohjaava ja valvova liittovaltuusto. Sääntöjen mukaan valitaan lisäksi tilintarkastaja. Nämä valitaan joka kolmas vuosi liittokokouksessa, viimeksi 26.--27.9.2020.
Käytännössä on lisäksi erilaisia nimettyjä toimihenkilöitä kuten Vapaa Ajattelija -lehden tekijätiimi sekä eräiden www-sivujen ylläpitäjät.
Liittohallitus
Hallitukseen kuuluu puheenjohtaja, kahdeksan varsinaista jäsentä sekä neljä varajäsentä sijalleastumisjärjestyksessä. Hallitus valitsee keskuudestaan varapuheenjohtajan ja pääsihteerin.
Hallituksen jäsenet tavoittaa sähköpostilla mallia etunimi.sukunimi@vapaa-ajattelijat.fi.
Puheenjohtaja Jape Lovén (Helsingin seudun VA)
Varsinaiset jäsenet
- Ritva Ahonen (Turun VA)
- Timo Karjalainen, pääsihteeri (Oulun seudun VA)
- Yki Räikkälä (Satakunnan VA)
- Riku Salminen (Tampereen VA)
- Marjatta Syväterä (Tampereen VA)
- Liisa Taskinen (Kotkan VA)
- Antti Värri, varapuheenjohtaja (Tampereen VA)
- Esa Ylikoski (Helsingin seudun VA)
Varajäsenet
- Harry Anttila (Helsingin seudun VA)
- Eero Suorsa (Turun VA)
- Timo Mykrä (Etelä-Karjalan VA)
- Olli Palokangas (Oulunseudun VA)
Liittovaltuusto
Valtuustoon kuuluu puheenjohtaja, kymmenen varsinaista jäsentä sekä viisi varajäsentä sijalleastumisjärjestyksessä. Valtuusto valitsee keskuudestaan varapuheenjohtajan ensimmäisessä kokouksessaan.
Valtuuston jäsenet tavoittaa sähköpostilla mallia etunimi.sukunimi@vapaa-ajattelijat.fi.
Puheenjohtaja Kari Pasanen (Keski-Suomen VA)
Varsinaiset jäsenet
- Robert Brotherus, varapuheenjohtaja (Helsingin seudun VA)
- Jani Hinkka (Tampereen VA)
- Arttu Häyrynen (Keski-Suomen VA)
- Soile Itäluoma (Keski-Uudenmaan VA)
- Kerttu Loukola (Helsingin seudun VA)
- Pertti Periniva (Kemin VA)
- Tauno Perkiö (Satakunnan VA)
- Tapio Pilli (Lahden VA)
- Reijo Raappana (Luoteis-Lapin VA)
- Aki Räisänen (Kainuun VA)
Varajäsenet
- Mikko Hangelmaa (Turun VA)
- Thomas Mangs (Helsingin seudun VA)
- Raimo Rintamäki (Forssan VA)
- Tanja Laine (Satakunnan VA)
- Martti Vaattovaara (Luoteis-Lapin VA)
Muut nimetyt henkilöt
- Vapaa Ajattelija -lehti:
- vastaava toimittaja: Esa Ylikoski
- toimitussihteeri: Eero Suorsa
- muu toimituskunta: Jori Mäntysalo, Yki Räikkälä
- Pääsivun vapaa-ajattelijat.fi webmaster: Marko Koivuniemi
- uskonnonvapaus.fi-sivun webmaster: Jori Mäntysalo
Tilintarkastus
Liiton tilintarkastajana toimii Timo Vilén, varalla Simo Dückstein. Molemmat ovat HT-tilintarkastajia.