Kaikki ihmisyhteisöt ovat luoneet tarpeisiinsa moraalisääntöjä ja normeja. Tätä elämää tarkoittaen ja tämän elämän varalle on moraali luontunut. Eetillisyyden rakennus ei tarvitse ”jumalallista katosta”.
– Väinö Voipio
Vapaa-ajattelijat katsovat, että moraaliarvot juontuvat inhimillisestä kokemuksesta. Monien ns. suurien moraalisääntöjen yleispätevyys johtuu niiden yhteiskunnallisesta merkityksestä. Yhteisö, jossa varastaminen ja tappaminen olisi hyväksyttävää, tuhoutuisi pikaisesti. Etiikassa ei ole totuutta samalla tavalla kuin reaalimaailmaa koskevissa tieteissä, mutta ihminen voi arvioida erilaisten arvojärjestelmien järkiperäisyyttä, hyödyllisyyttä ja toimivuutta ihmiskunnan historiallisen kokemuksen pohjalta.
Arvot, normit ja tavoitteet on perusteltava rationaalisesti, järjellisen ajattelun ja kokemuksen avulla. Vapaa-ajattelijat hyväksyvät Protagoraan Homo mensura periaatteen: ”Ihminen on kaiken mitta”, siinä muodossa, että ihminen on viime kädessä itse se mittapuu, joka ratkaisee käsitykset tiedon pätevyydestä, arvojen oikeutuksesta, elämän tarkoituksesta jne. Yhteiskuntajärjestelmät, uskonnot, aatteet, arvot jne. ovat ihmisten luomuksia, sosiaalisesti luotuja rakennelmia.
Vapaa-ajattelijat eivät usko absoluuttisen, kaikkina aikoina ja kaikissa tilanteissa pätevän moraalin olemassaoloon. Objektiivisia mittapuita on kuitenkin olemassa. Arvoilla ja normeilla on niiden sosiaalisesta alkuperästä johtuvaa objektiivisuutta, kuten alussa todettiin. Kuitenkin, kaikki mikä on inhimillistä on myös suhteellista. Myös suuret moraalikäskyt ovat vain yleisiä periaatteita ja niistä on aina olemassa poikkeuksia.
Arvoja eli käsityksiä hyvästä ja pahasta, oikeasta ja väärästä, tavoiteltavasta ja vältettävästä ei ole olemassa ihmisestä riippumatta. Arvot ovat sosiaalisesti luotuja rakennelmia, jotka säätelevät ihmisten toimintaa suhteessa muihin ja omaan itseen. Arvot vaihtelevat eri kulttuureissa ja eri aikakausina huomattavasti. Ei ole olemassa toimintoja, jotka itsessään, riippumatta vaikutuksistaan, olisivat hyviä tai pahoja, oikeita tai vääriä.
Vapaa-ajattelijat kannattavat yleensä seurausetiikkaa, jonka mukaan teon arvon määräävät sen seuraukset. Järkiperäinen ja itsenäinen moraali voidaan perustella vain vetoamalla siihen hyötyyn (nähtävä laajana käsitteenä), joka sen noudattamisesta koituu yksilölle ja/tai yhteisölle.
Moraalista käyttäytymistä tulee arvioida kriittisen järjen valossa. Mikään kirkko, uskonto tai ideologia ei voi pakottaa muita hyväksymään käsityksiään hyvästä ja pahasta, oikeasta ja väärästä, tavoiteltavasta ja vältettävästä.
Kysymykseen elämän tarkoituksesta vapaa-ajattelijat vastaavat: elämä sinänsä on oma tarkoituksensa mutta vielä parempi on elää hyvää, tyydyttävää ja antoisaa elämää ja luoda parempaa tulevaisuutta.
Elämällä luonnonilmiönä ei ole mitään tarkoitusta. Biologisena ilmiönä elämä on syysuhteen avulla selitettävä asia. Sen sijaan yksilön elämä, koettuna asiana, perustuu tarkoituksiin. Yksilön elämällä voi olla lukuisia tarkoituksia, ja jokaisen on itse mietittävä oman elämänsä tarkoitus/tarkoitukset.
Jos otetaan esimerkkejä soveltavan etiikan alueelta, niin voidaan esittää esim. seuraavat esimerkit. Vapaa-ajattelijat kannattavat vapaata aborttia, koska sikiö ei ole itsetajunnalla varustettu persoona, jolla olisi oikeuksia. Se ei ole eettisessä mielessä täysvaltainen yksilö, eikä potentiaalisella olennolla ole olemassa olevan olennon oikeuksia. Raskaana oleva nainen on sen sijaan täysvaltainen ihmisyksilö, jota ei voida velvoittaa, hänen tahdostaan piittaamatta, kasvattamaan kohdussaan sikiötä ja synnyttämään lasta.
Kun lapsi syntyy, hän astuu positiivisen eli säädetyn oikeuden piiriin, vaikka vastasyntynytkään ei ole vielä itsetajunnalla varustettu persoona. Lapsi on syntymästään saakka lakien ja ihmisoikeussopimusten takaaman elämisen oikeuden piirissä. Selvää on tietysti, että vapaa-ajattelijat eivät millään tavalla suosi aborttia. Ihanteellinen tilanne olisi, jos abortteja jouduttaisiin tekemään mahdollisimman vähän.
Vapaa-ajattelijat kannattavat aktiivista tahdonalaista eutanasiaa Hollannin mallin mukaan. Jos ihminen on kuolemansairas ja kärsii kovista kivuista ja vaatii toistuvasti saada kuolla, on lääkärien velvollisuus mielestämme auttaa häntä kuolemaan. Tällöin kuolemassa on kyse hyvästä, ihmisarvoisesta tavasta lopettaa elämä.
Vapaa-ajattelijat hyväksyvät harkitun itsemurhan, koska oikeus elämään on valinnainen oikeus. Vapaa-ajattelijat korostavat kuitenkin myös yksilön vastuuta etenkin niistä kanssaihmisistä, joita kohtaan hänellä on velvollisuuksia. Tämä on tärkeää etenkin, kun pohditaan itsemurhan moraalista oikeutusta.
Vaikka vapaa-ajattelijat kannattavatkin laajaa yksilönvapautta, he eivät näe vapautta vain rajoitusten puuttumisena. Klassisen utilitarismin tavoite: miten saada suurin mahdollinen määrä onnea suurimmalle määrälle ihmisiä, on keskeinen lähtökohta myös vapausajattelussa. Vapauden mahdollisuuden turvaaminen edellyttää hyvinvoinnin, sivistyksen, oikeuksien yms. turvaamista ja jakamista. Vapaus ja vastuu liittyvät yhteen niin yksilö kuin yhteisötasollakin. Laaja yksilönvapaus vaatii rinnalleen oikeudenmukaisuutta ja utilitaristista yhteisöllistä näkemystä.
Vapaa-ajattelijat vastustavat paternalismia eli sellaista ajattelutapaa, että joku tai jotkut katsovat tietävänsä toisten hyvästä paremmin kuin nämä itse. On luonnollista, että lapsia ja holhouksenalaisia on suojeltava heidän omilta huonoilta valinnoiltaan ja päätöksiltään. Samoin, jos ihminen on tilapäisesti kykenemätön tekemään päätöksiä, on myöskin luonnollista, että muut joutuvat tekemään päätöksiä hänen puolestaan. Varsinaisesta paternalismista on kyse silloin, kun autonomisen yksilön oikeutta päättää omasta parhaastaan loukataan esim. salaamalla tietoja, olemalla piittaamatta yksilön näkemyksistä ja holhoamalla yksilöitä viranomaistoiminnalla esim. lisääntymistä, sekä elämää ja kuolemaa koskevissa kysymyksissä. Kouluviranomaisia, jotka haluavat päättää vanhempien puolesta näiden lapsille annettavasta vakaumusopetuksesta, voidaan myöskin sanoa paternalisteiksi.