Vapaa-ajattelijoiden liitto toimii uskonnottomien yhteiskunnallisen ja oikeudellisen aseman parantamiseksi tekemällä aloitteita valtiovallalle ja kunnille ja toimimalla uskonnottomien puolestapuhujana julkisessa keskustelussa. Liiton tavoitteina on myös antaa tietoa uskonnottomien ihmisten oikeuksista ja velvollisuuksista sekä uskonnottomasta kulttuurista. Liitto myös edistää tiedepohjaista maailmankuvaa, kriittistä ja rationaalista ajattelua sekä humanistista etiikkaa ja elämänkatsomusta.
Ihmisten yhdenvertainen kohtelu on yksi keskeisistä sivistyneen yhteiskunnan tukipilareista. Evankelis-luterilaisella kirkolla on kuitenkin merkittäviä etuoikeuksia ja uskonnottomia syrjitään lapsuudesta hautaustoimeen.
Valtion tulisi arvostaa kaikkia ihmisiä yhdenvertaisesti heidän uskonnostaan tai vakaumuksestaan riippumatta, myös uskonnottomia. Siksi evankelis-luterilaisen kirkon julkisoikeudellisesta, valtionkirkollisesta asemasta tulisi vihdoin luopua. Kirkon julkisoikeudellinen asema tarkoittaa mm. sitä, että evankelis-luterilaisen kirkon katsotaan olevan osa julkista valtaa ja sen säännöistä päätetään lailla.
Kirkkolain erityisyys mainitaan perustuslaissa (76 §); eduskunta ei voi muuttaa kirkolliskokouksen esityksiä kirkkolakiin, vaan se voi vain hyväksyä tai hylätä ne.
Evankelis-luterilainen kirkko perustelee valtionkirkollista asemaansa suurella jäsenmäärällä. Se on kuitenkin alenemassa. Ja mitä alemmaksi jäsenmäärä putoaa, sitä vähemmän on perusteita evankelis-luterilaisen kirkon erityisoikeuksille.
Vapaa-ajattelijat lähettävät ennakoivia aloitteita ja kannanottoja sekä lausuntoja eri lakiesityksiin pyrkien vaikuttamaan sisältöihin. Eduskunta vastaa ja päättää onko Suomessa valtionkirkko ja ovatko ihmiset yhdenvertaisia riippumatta uskonnollisista tai uskonnottomista vakaumuksista.
Lapset ja nuoret, koulut ja päiväkodit ovat monella tavalla vapaa-ajattelijoiden toiminnan painopistenä.
Liitto edistää maallista yhteiskuntakehitystä, sekulaaria kulttuuria ja uskonnottomiin siviiliseremonioihin liittyviä palveluja. Siinä auttaa Pro-Seremoniat, jossa olemme mukana muiden järjestöjen kanssa yhteistyössä.