Helsingin Vapaa-ajattelijat ry on poliittisesti sitoutumaton uskonnottomien ja uskontokuntiin kuulumattomien etuja, oikeuksia sekä oikeusturvaa ajava yhdistys. Sen tavoitteet ja toiminta nojaavat luonnontieteisiin perustuvaan naturalistiseen maailmankuvaan.
Kirkko irti valtiosta
Yhdistyksen tärkeimpänä yhteiskunnallisena tavoitteena on molempien valtionkirkkojen erityisaseman purkaminen. Valtion tulee olla uskontoihin nähden puolueeton. Kaksi valtionkirkkoa tulee muuttaa tavallisiksi yhdistyksiksi, eikä niillä tule olla julkisoikeudellista asemaa tai muita erioikeuksia.
Järjen puolesta
Yhdistys suhtautuu kriittisesti kaikkiin menneisyyden mytologisiin kertomuksiin, joita esitetään historiallisina totuuksina. Toiminnan tarkoitus on edistää tieteellistä ja rationaalista ajattelua dogmaattisen sekä kritiikittömän uskomisen vastapainona.
Vapaa-ajattelijoiden aatteellisena tavoitteena on lisätä yksilön ajatuksen vapautta, vakaumusten tasa-arvoa, suvaitsevaisuutta sekä vastuuta lähimmäisistä ja ympäristöstä.
Tavoitteena on myös uskonnonopetuksen poistaminen kouluista, päivähoidosta sekä valtion yliopistoista. Vain siten vakaumusten tasa-arvo ja uskonnonvapaus toteutuu.