Lahden Vapaa-ajattelijat perustettiin alun perin nimellä Lahden Siviilirekisteriin kuuluvien yhdistys ry. Perustamiskokous pidettiin Lahdessa Oy Työväentalossa 25.10.1936 suurin juhlallisuuksin. Tällöin yhdistyksen perustajajäseniksi ilmoittautui jäsenluettelon mukaan 62 henkilöä. Ensimmäiseksi puheenjohtajaksi valittiin Väinö Lammilla ja johtokunnan jäseniksi Aili Jokinen, Helvi Virtanen, Emil Makkonen, Lauri Sinkkanen ja Erkki Lehmula.
Perustamiskokouksen esitelmöijäksi oli lupautunut aikansa tunnettu yhteiskunnallinen vaikuttaja Ernst Lampén, joka kuitenkin oli estynyt saapumasta, joten hänen puheensa luettiin kokouksessa. Ajan ilmapiiriä kuvaavaa lienee, että tilaisuuden jälkeen poliisi takavarikoi esitelmäaineiston.
Uskonnottomien valtakunnallinen järjestö Suomen Siviilirekisterien Keskusliitto ry perustettiin 25.11.1937.
Sotavuosina yhdistyksen toiminta lamaantui lähes täysin, mutta toisen maailmansodan jälkeinen jälleenrakentamisen aika ja sen luoma yhteisöllisyyden tarve kohotti myös yhdistyksen toiminnan uudelleen. Tuolloin järjestettiin usein ohjelmallisia tilaisuuksia jäsenistölle, kuten myös yleisötilaisuuksia, joissa esiintyi monia tunnettuja yhteiskunnallisia vaikuttajia.
Vuonna 1946 yhdistyksen nimi muutettiin nykyiseen muotoonsa Lahden Vapaa-ajattelijat ry.
Jäsenten aktiivisen toiminnan ansiosta yhdistys pystyi hankkimaan vieläkin käyttämämme Saimaankadun toimitilan. Vuonna 1946 perustetun naisten käsityökerhon ja vuonna 1961 perustetun miesten puutyökerhon tuotteiden myynti olivat suuressa roolissa hankinnan rahoituksessa. Erityisen kunniamaininnan toiminnasta ansaitsee hankkeen puuhamies Lauri Sievänen.
Yhdistyksemme edustajat ovat olleet ja ovat tänäkin päivänä Vapaa-ajattelijoiden Liiton toiminnassa aktiivisesti mukana liittovaltuustossa, liittohallituksessa ja liiton tilintarkastajana.
2000-luvulle tultaessa voidaan todeta maailman muuttuneen suuresti yhdistyksen perustamispäivistä. Yhdistystoiminta on yleisesti huomattavasti suppeampaa kuin aiemmin. Myös uskonnottomien asema on parantunut huomattavasti ja kirkon jäsenmäärä vähenee vuosi vuodelta. Tekemistä kuitenkin riittää ja työtä tehdään edelleen kirkon ja valtion erottamiseksi toisistaan.
Yhdistys onkin myös lähihistoriassa toiminut aktiivisesti paikallisten epäkohtien korjaamiseksi sekä pyrkinyt jakamaan tietoa ja opastusta uskonnottomille alueellamme. Olemme järjestäneet useita yleisö- ja keskustelutilaisuuksia mielenkiintoisine puhujineen, sekä osallistuneet paikallisiin tapahtumiin kuten Lahti Pride, Elävä kirjasto ja Mahdollisuuksien Tori. Lisäksi olemme tehneet kouluvierailuja ja osallistuneet keskustelutilaisuuksiin erilaisissa yhteisöissä ja radiossa.
Puheenjohtajina ovat tähän mennessä toimineet seuraavat henkilöt:
- Väinö Lammila, 1936-1937
- Lauri Sievänen, 1938-1959
- Kalle Sullström, 1960-1961
- Urpo Ruokonen, 1962-1964
- Reijo Taipale, 1965-2004
- Rauno Toiminen, 2005-2006
- Heikki Karjalainen, 2007-2014
- Jari Peltonen, 2015-