Vapaa-ajattelijain liitto on perusteellisen valmistelun jälkeen saanut itselleen vaakunan. Sen vaakunaselitys kuuluu: "Hopeakentässä sininen, laakea malja, jossa palaa kolme punaista liekkiä." Vaakuna noudattaa väreiltään vapaa-ajattelijaliikken kansainvälisiä värejä, jotka ovat punainen, sininen ja valkoinen (vaakunaheraldiikassa hopea korvaa valkoisen).
Valmistelutyötä on liiton puolelta johtanut Kimmo Sundström ja vaakuna on suunniteltu yhteistyössä Suomen Heraldisen Seuran kanssa. Vaakunan on piirtänyt tamperelainen taiteilija Harri Rantanen. Liittohallitus hyväksyi 8.2.1987 vaakunan luonnosten perusteella ja se korvaa liiton nykyisen merkin.
Vaakunakuvaa tullaan käyttämään täysin mustana myös vapaa-ajattelijoiden ja ateistien yleisenä kuolinilmoitusmerkkinä. Oleellisesti tässä ei tapahdu mitään muutoksia, koska vapaa-ajattelijat ovat tähänkin asti käyttäneet kuolinilmoituksissa malja ja liekki -merkkiä.
Myös liiton jäsenmerkki sekä hopeinen ja kultainen ansiomerkki uudistetaan uuden vaakunan pohjalta. Myöhemmin on uudistuksen kohteena liiton lipusto. Vanhoja rintamerkkejä ja lippuja voi tietenkin käyttää edelleen.