Vapaa-ajattelijoiksi kutsuttiin keskiajan lopulla ihmisiä, joiden ajattelu oli riippumatonta uskonnosta ja uskonnollisista yhteisöistä. Vapaa-ajattelijat nojautuivat siis kokemukseen ja järkiperäisyyteen sekä omaan ymmärrykseen.

Vapaa-ajattelusta ja Vapaa-ajattelijain liitosta on liikkeellä valtava määrä kristittyjen ja yleensä uskovaisten tuottamaa virheellistä, valheellista ja yksipuolista tietoa.

Seuraavassa on luettelonomaisesti mainittu tavallisimpia väärinkäsitysten aiheita:

Vapaa-ajattelu

* ei tarkoita mitä hyvänsä vapaata ajattelua, vaan sillä on oma, vakiintunut historiallinen merkityksensä

* ei perustu yksinomaan ateismiin (uskon poissaoloon), vaan myös agnostisismiin (tiedon puutteeseen, mistä seuraa uskon poissaolo)

* ei tarkoita samaa kuin vapaamuurarius, vaikka varsinkin roomalaiskatolinen kirkko vihaa myös vapaamuurareita

* ei ole uskonto, koska se hylkää uskon yliluonnolliseen eikä katso yliluonnollisilla tekijöillä

olevan mitään vaikutusta maailmaan tai elämäämme

* ei ole ideologia esimerkiksi siinä mielessä, että se puolustaisi jotain hallitusjärjestelmää, joskin teokratia (pappisvalta, esim. Iran, Vatikaani) hylätään

* ei sitoudu minkään talousjärjestelmän kannattajaksi

* ei sitoudu dogmaattisesta moderniin tieteeseen, vaan esiintyy myös tiedekriitikkona. Tällä hetkellä tiede on paras keino hankkia tietoa ja lähestyä totuutta. Jos löydetään parempi keino, tiede hylätään

* ei ole korvikeuskonto vaan kaikkien uskontojen vaihtoehto

* ei ole pseudouskonto, koska vapaa-ajattelu ottaa kantaa elämän arvokysymyksin ja pitää niitä mielekkäinä kysymyksinä

* ei ole kvasiuskonto, sillä se, että vapaa-ajattelussa voidaan löytää samantyyppisiä rakenteita tai että se toteuttaa joitakin samantyyppisiä tehtäviä kuin uskonnot, ei tee siitä kvasiuskontoa. Myös esimerkiksi monissa harrastuksissa on samoja rakenteita ja ne toteuttavat samoja tehtäviä kuin uskonnot, emmekä silti kutsu niitä uskonnoiksi

* ei ole uususkonto, sillä vapaa-ajattelu syntyy modernin tieteen kanssa 1600-luvun Euroopassa.

Vapaa-ajattelijain liitto

* ei ole mikään "vapaakirkko" tai mikään muukaan uskonnollinen yhteisö

* ei ole poliittinen järjestö, mutta sen jäsenet vaikuttavat monissa puolueissa

* ei ole vasemmiston peitejärjestö, vaikka historiallisista ja osin ideologisista syistä vasemmistolaisesti ajatteleva henkilö on (tai ainakin on ollut) keskimääräistä alttiimpi liittymään vapaa-ajattelijayhdistykseen

* ei hanki jäseniä lapsikasteen tai minkään muunkaan menetelmän avulla, jossa joku muu kuin asianomainen henkilö itse valitsee jäsenyyden

* ei hanki rahoitustaan pakkokeinoilla kuten valtiokirkot

* ei pyydä vain ateisteja eroamaan kirkosta, vaan myös nimikristittyjä, sillä heidän tulisi tiedostaa moraalinen velvollisuutensa hylätä kirkko

* ei halua tuhota kirkkoa, ainoastaan lakkauttaa valtiokirkot, sillä jokaisella on oikeus tehdä omat virheensä, tosin omalla kustannuksellaan